בתחילת ההפרטה בשנת 1993, הפך מיכאל לאחד היצרנים והיצואנים הגדולים ביותר של פחם, נחושת, קוקס ומתכות ברזיליות. הוא נכנס לשותפות עם אחיו הצעיר לב. מיכאל השקיע עשרות מיליוני דולרים וניצל את קשריו במשרדים ממשלתיים ובתעשיות שהוא פיתוח במשך ארבע שנים. לב מצידו הביא שותפים מערביים עם השקעות נוספות ויכולת למכור מתכות בשווקים מערביים. אלה היו האחים רובן מ – TRANSWORLD GROUP, חברה שעסקה בסחר מתכות. האחים רובן הציעו ללב, והוא בתורו הציע למיכאל, להיכנס לשותפות בפיתוח תעשיית האלומיניום הרוסית.

ברית המועצות קנתה תחמוצת החמרן שהיא חומר גלם הנחוץ לתעשיית האלומיניום, באוסטרליה ובניו זילנד. כ-75% ממנה נצרך בתוך המדינה על ידי התעשייה הצבאית. בתחילת עידן השוק החופשי צמצמה התעשייה הצבאית את הזמנותיה. מטבע החוץ לרכישת תחמוצת החמרן נגמר, מפעלי ההתכה הגיעו למצב של עצירה והפועלים עבדו חודשים ללא שכר. האחים צ'רנוי יחד עם שותפיהם המערבים הציעו לממשלה הרוסית החדשה תוכנית למניעת סגירת המפעלים: אנחנו נקנה תחמוצת החמרן, נביא אותה למפעלים, נשלם את שכר העבודה, חשמל והוצאות ייצור האחרות. התנאי שלנו הוא כדלקמן: עודף הערגול יימכר אך ורק דרכנו במחיר שיכלול את הוצאותינו. שיטה זו נקראה שיטת "טולינג". רוסיה הרוויחה ממנה, והממשלה נתנה אור ירוק.

מהר מאוד הגיע הרווח הנקי של השותפים ל – 30% מעלות הקרן של המתכת.

מר אלכסנדר בובין, אחד האידיאולוגים של פרסטרויקה ושגריר לשעבר של רוסיה במדינת ישראל נזכר כי פעם הוא אמר בישיבה ממשלתית: "כל מה שאתם צריכים זה עוד כמה אנשים כמו האחים צ'רנוי, ותוכלו לשקם את כל התעשייה הכבדה".

בשנת 1993 התחילה ההפרטה: הממשלה הרפורמיסטית של ילצין פיתחה את שיטת השוברים. מספר חברות זרות כבר נכנסו לשוק הרוסי. הם קנו את המוצרים הרוסיים במחירים נמוכים אך לא האמינו שניתן לקנות מפעלים בשוברים. האחים צ'רנוי מצאו את הכיוון הנכון במהירות רבה. הם האמינו בהפרטה וברפורמה הדמוקרטית של רוסיה לפני האחרים. אנשים חששו מהשוברים והיו מוכנים למכור אותם. האחים צ'רנוי רכשו אותם דרך חברות ההשקעה.

במהרה השוברים הפכו למניות והאחים צ'רנוי התחילו לרכוש מניות של חברות לייצור מתכות ברזיליות ואל ברזיליות. שלוש או ארבע שנים לאחר מכן הם ביחד עם שותפיהם רכשו את גרעין השליטה של מפעלי ההתכה הגדולים ברוסיה: ברטסק, סאיינסק, נובוקוזנצק וקראסנויירסק. 

קטע מראיון עם מיכאל צ'רנוי:

"בתהליך ההפרטה היינו זרים, לא קשורים לא למנהיגי המפלגה הקומוניסטית, לא לפשע ולא לשירותי המודיעין. אני חושב שזו הסיבה שבגינה הם נלחמו בנו. בשנות 1994-1997 הם לא נלחמו ברמאים שסידרו את הפירמידות הפיננסיות אלא בנו שרצינו לבנות תעשיות וליצור מקומות עבודה. אף אחד לא היה זקוק למפעלים אלה אז. GOSSNAB – המשרד הממשלתי לאספקה, שסיפק כסף וחומרי גלם ושיווק את המוצר הסופי, התמוטט. כל המפעלים ירדו לטמיון בהדרגה. אנשי עסקים זרים לא היו מעונינים להציל אותם – לצורך כך הם היו צריכים לעצור את המפעלים שלהם. חוץ מזה, הם עדיין זכרו NEP, הניסוי לרפורמות השוק בשנות ה – 20, כשקודם נתנו להון הפרטי להיכנס לשוק ואז לקחו את הרווחים. אך בשנת 1994, אם ההפרטה לא הייתה באה, תוך שנתיים המפעלים היו הופכים לגרוטאות. בתקופה זו הם שימשו לנישות קטנות לרשויות מקומיות. והנה פתאום אנחנו באים – לא מנהיגי המפלגה הקומוניסטית אלא בחורים יהודים פשוטים. בעצם, היינו מרוויחים עשרה דולר, מלווים עד עשרים, משקיעים שלושים ובסוף מקבלים רווח של שלוש מאות דולר, דבר שגרם להרבה אנשים לקנא. אבל מה קרה למפעלים שהיו בבעלות ממשלתית ושאף אחד לא קנה אותם? שום דבר לא עובד ואף אחד לא משלם את שכר העבודה."

כאשר התעשייה הצבאית עבדה, החלק הניכר של 3,5 מיליון טון האלומיניום שהיה מיוצר בשנה, נצרך בתוך המדינה. לאחר ההתמוטטות של ברית המועצות החברות המערביות ציפו כי מפעלי ההתכה הרוסיים יעצרו והמחירים יעלו. אך לאחר מספר שנים תעשיינים כמו אחים צ'רנוי ושותפיהם התחילו לשקם את התעשייה ולמדו כיצד להתחרות במונופולים המערבים ולהעמיד אותם בפני תחרות קשה בשוק. בתקופה זו צרכה רוסיה 400,000 טון של אלומיניום, ו- 3 מיליון טון הלך לייצוא. ברור שהמונופולים המערבים יצאו במלחמה נגד המתחרים החדשים מרוסיה.